Пролог игры представляет собой страшный сон главной героини Хизер, где она бродит по заброшенному, темному и населенному чудовищами парку развлечений, пытается спуститься по рельсам «американских горок» и мнимо погибает под колесами спускающейся вагонетки — в этот момент Хизер просыпается. Она находится в большом торговом центре уже перед самым закрытием.

Хизер намеревается отправиться домой, к отцу, и разговаривает с ним по телефону. С ней пытается заговорить пожилой человек, представляющийся детективом Дугласом Картлендом, но Хизер сбегает от него через окно женского туалета и бродит по пустому торговому центру, постепенно погружающемуся в кошмарный потусторонний мир. Здесь, помимо чудовищ, загадок и следов насилия, Хизер встречает безумную женщину по имени Клаудия. Когда Хизер удается все-таки выбраться из кошмара в реальный мир, она оказывается у входа в торговый центр, где снова встречает Дугласа, и спускается в метро, где снова сталкивается с погружением в кошмар. На пути домой, пропутешествовав через темные потусторонние станции и туннели метро, канализацию и офисные здания, Хизер встречает ещё одного странного человека — некоего Винсента, постоянно обитающего в мире кошмаров и не испытывающего никаких неудобств. Наконец, Хизер удается выбраться в реальный мир и добраться до дома, где она обнаруживает своего отца — писателя Гарри Мэйсона, главного героя первой части серии - убитым и сражается с его убийцей, похожим на человека монстром, действовавшим по приказу главы сатанинского культа Клаудии.

После смерти отца Хизер принимает помощь детектива Картленда и вместе с ним на автомобиле отправляется в город Сайлент-Хилл. Зацепкой для Картленда является полученное Картлендом письмо Винсента, указывающее на сайлентхилльца по имени Леонард Вульф, Хизер же находит посмертное послание её отца, рассказывающее о событиях семнадцатилетней давности и обстоятельствах её рождения в Сайлент-Хилле. Выясняется, что Хизер - это Шерил из первой части Silent Hill, но взявшая другое имя для того, чтобы порвать с прошлым. Хизер понимает, что является реинкарнацией Алессы — девочки из Сайлент-Хилла, которая, по ожиданиям культа, должна была произвести на свет Бога, но вместо этого из собственных мучений сотворила кошмарный потусторонний мир. Теперь роль «божьей матери» перешла к Хизер.

Сайлент-Хилл так же выглядит заброшенным, наполненным туманом городом-призраком, как и в предыдущих частях серии. Оставив Дугласа в местном мотеле, Хизер посещает сайлентхилльскую психиатрическую больницу Брукхэвен (также обращающуюся в кошмарную потустороннюю версию), где по телефону беседует с пресловутым Леонардом Вульфом. Вульф оказывается отцом Клаудии и членом культа, неожиданно соглашающимся помочь ей, подарив могущественный артефакт под названием «Печать Метатрона», который он охраняет. Однако при личной встрече Хизер обнаруживает, что Леонард превратился в страшное чудовище, и убивает его.

Вернувшись с Печатью в мотель, Хизер застает там Винсента, который направляет её через парк развлечений, уже фигурировавший в снах Хизер, в церковь — центр пресловутого сатанинского культа, возглавляемого Клаудией. Хизер снова сталкивается с потусторонним миром и несколько раз чудом избегает смерти; однако в итоге ей удается добраться до церкви и столкнуться с Клаудией и опять же Винсентом лицом к лицу. В ходе конфликта между Клаудией и Винсентом Клаудия убивает бывшего соратника, заколов его кинжалом. Хизер становится плохо, поскольку и правда обитающий внутри неё «Бог» пытается появиться на свет. Если игрок не предпринимает никаких действий, это ведет к немедленной смерти Хизер; Хизер (руками игрока) должна достать из подаренного отцом кулона вещество под названием аглаофотис (англ. aglaophotis, игравшее значительную роль в первом Silent Hill) и проглотить его. Тогда «Бог» в виде отвратительного зародыша извергается на пол церкви, а Хизер остается в живых. Прежде, чем она успевает раздавить зародыша, его хватает и проглатывает уже Клаудия, которая пытается произвести «Бога» на свет и умирает в муках. Хизер вынуждена сразиться с чудовищным «Богом» и убить его.

У игры, как и предыдущих игр серии, несколько возможных концовок, выбор между которыми зависит от действий игрока. В основной (Normal) концовке — единственной доступной при первом прохождении игры — Хизер и Дуглас благополучно покидают Сайлент-Хилл, возвращаясь к нормальной жизни. В концовке «Одержимая» (Possessed), для достижения которой надо набрать к концу второго прохождения 4000 игровых очков, Дуглас погибает от рук одержимой нерожденным богом Хизер. Хотя концовка «Одержимая» является лишь скрытым альтернативным исходом игры, по Silent Hill 3 разбросано немало намеков на то, что эта мрачная концовка может оказаться истинной и кошмары потустороннего мира существуют лишь в сознании безумной Хизер, а убиваемые ей монстры — на самом деле люди. Концовка «Месть» (Revenge) является традиционной для серии рисованной шуточной концовкой с участием инопланетян, в числе которых оказываются воскресший отец Хизер Гарри Мэйсон, похищенный инопланетянами в аналогичной концовке Silent Hill, и главный герой Silent Hill 2 Джеймс Сандерленд, также похищенный инопланетянами в соответствующей концовке игры.

[править] Персонажи
[править] Хизер Мэйсон (Heather)
Главный действующий персонаж игры."Простая" cемнадцатилетняя девушка, в один миг попавшая в страшный кошмар, который каким-то образом переплетён с её прошлым. Является приёмной дочерью писателя Мэйсона, которому удалось 17 лет назад сбежать из зловещего города Silent Hill. Но что женщина Клаудия заставляет вспомнить?

Озвучена: Heather Morris (Именно её имя и взяли разработчики для героини)

[править] Дуглас Картланд (Douglas Cartland)
Странный старик, представившийся частным детективом. Раннее работал в полиции, уволился за десять лет до событий игры. Его сын был убит на месте при попытке ограбления банка. Винить в этом предпочитает себя. При первой встречи, сообщает Хизер, что некто хочет поговорить с ней по поводу обстоятельств её рождения. Ничего о происходящем не знает, оправдываясь, что он просто «делает свою работу».

Озвучен: Richard Grosse (вскоре после выпуска игры умер от болезни печени)

[править] Клаудия Вульф (Claudia Wolf)
Женщина с бледным лицом и спутанными волосами, двадцати девяти лет. Выглядит старше своего возраста. Хизер подозревает, что она либо знает что-то важное, либо просто сошла с ума. На самом деле она является жрицей культа, стремящегося принести на землю Бога и Вечный Рай. Постоянно говорит о прошлом главной героини и призывает её вспомнить свою истинную сущность.

Озвучена: Donna Burke (озвучивала Анжелу Ороско в Silent Hill 2)

[править] Винсент (Vincent)
Аристократично выглядящий молодой человек, двадцати четырёх лет. Носит очки. Один из лидеров культа. При первой же встречи утверждает, будто он на стороне Хизер, критикуя Клаудию и её действия. Но так ли это? Можно ли в этом кошмаре довериться кому-нибудь, кроме себя? Озвучен: Clifford Rippel

[править] Вальтиель (Valtiel)
Монстр, служитель культа, постоянно следит за главной героиней в альтернативных мирах. Монстр вас не тронет, его задача состоит в благополучном рождении Бога от главной героини. Если Хизер умирает, Вальтиель оживляет её и перемещает в то место где вы сохранились (красные светящие круги - Нимб Солнца).

[править] Враги
[править] Клозер
Первая встреча - Торговый центр

Встречи - Везде

Высокий монстр, трясущей мордой. Вместо рук имеет некое подобие боксёрских груш, которыми атакует. Иногда из них может выпустить шип. Монстр очень медлителен, пока он размахивается, можно успеть убежать. Против него хватит 1 выстрела из дробовика.

Монстр переделан из Мандарина, встречающегося в Сайлент Хилл 2

[править] Двухголовый
Первая встреча - Торговый центр

Встречи - Везде

Шустрая собачка, может либо набросится на вас или цапнуть за ногу. Против него можно применять пистолет, но так же дать вяленое мясо и долбануть чем нибудь.

[править] Маятник
Первая встреча - Альтернативный Торговый центр

Встречи - Везде

Монстр очень похож на комара, издаёт скрипящий звук и в воздухе крутится, когда его не трогать он не будет трогать вас. Но если тронете он быстро полетит на вас и ударит. А так же он может ходить по земле.

[править] Психорак
Первая встреча - Метро

Встречи - Везде

Жирный и неуклюжий монстр. На теле раковые опухоли. Против него необходимо использовать дробовик из-за его убойной силы; после нескольких выстрелов падает, но потом обязательно поднимается. Очень трудно убить из-за большого расхода боеприпасов.

[править] Зомби
Первая встреча - Торговый центр

Встречи - Везде

Маленький и слабый монстр, атакует вас лёгкими ударами. Завалить его можно обычной трубой. А так же существует вид по взрослее (т.е. побольше)

[править] Ползунок
Первая встреча - Офисы

Встречи - В Альтернативном Офисе, Больнице и Церковь

Ползучие создания, передвигаются быстро. Их так же можно подкормить вяленым мясом. Они так же могут притворится мёртвыми

[править] Медсёстры
Первая встреча - Больница

Встречи - Больница

Медсёстры, которых можно определить по тяжёлому дыханию. Передвигаются не быстро, вооружены железными трубами, и редких случаях пистолеты (всего 2).

[править] Скребун
Встречи - Церковь

Довольно сильные противники. Скребуном его назвали из-за того, что у него есть привычка скрипеть лезвиями на руках, которые он использует как оружие. Внешне напоминают Миссионера, но двигаются они с хаотичной скоростью.




Озвучен: Clifford Rippel

[править] Оружие
Нож
Железная труба
Палка с гвоздями
Катана
Автомат
Пистолет
УЗИ
[править] Секретное оружие
Огнемёт
Луч Хизер (Heather Beam)
Лазерный меч (Saber Beam)
Автомат с бесконечными патронами
Золотая и серебряная трубы
[править] Музыка
В отличие от второй серии игры, где преобладали сильные аккорды рока, создатель игровой музыки Акира Ямаока, перешёл в основном на музыку стиля трип-хоп. Также, впервые за всю серию, в композициях был использован вокал. Множество людей признают музыку из третьей части лучшей из всех Сайлент Хиллов — почти шедевральной.

Полный список альбома дорожек, вышевшего на отдельном компакт-диске 16 июля 2003 года:

Lost Carol (0:37)
You’re Not Here (1:26)
Float Up from Dream (1:22)
End of Small Sanctuary (1:42)
Breeze — in Monochrome Night (4:14)
Sickness Unto Foolish Death (3:06)
Clockwork Little Happiness (3:24)
Please Love Me… Once More (1:54)
A Stray Child (5:28)
Innocent Moon (1:38)
Maternal Heart (3:02)
Letter — from The Lost Days (3:54)
Dance With Night Wind (5:21)
Never Forgive Me, Never Forget Me (2:19)
Prayer (1:40)
Walk on Vanity Ruins (2:44)
I Want Love (2:45)
Heads No. 2 (4:29)
Memory of The Waters (1:46)
Rain of Brass Petals (3:39)
Flower Crown of Poppy (2:13)
Sun (1:47)
Uneternal Sleep (1:00)
Hometown (3:09)
I Want Love (Studio Mix) (4:40)
Rain of Brass Petals (Three Voices Edit) (5:01)