В общем, это нестандартные достаточно музейки)) и во многие попасть можно ток если предварительно созвониться,но это не такая проблема - почти везде указаны телефонные номера)

Итак:

• Музей книги
  работает  пн-пт с 10 до 18:00
  Воздвиженка, 3/5, Российская гос.библиотека, корп. Г, 3 подъезд, 4 этаж, комната Г-405
  телефон: 622-86-79
   
• Центральный дом авиации и космонавтики
  работает вт-вс с 10 до 18:00
  Красноармейская, 4
  телефон: 612-54-61
   
• Музей армии и спецслужб
  работает: пн-пт с 10 до 18:00
  Б. Лубянка, 12
  телефон: 914-85-38 *вроде звонить нужно с 9 до 10 утра (?)
   
• Музей МВД
  работает вт-вс с 9до 18:00
  Красноказарменная, 9а
  телефон: 361-85-87, 361-85-88
   
• Погран. музей ФСБ
  работает вт-вс с 9:00 до 17:45
  Яузский б-р,13
  телефон: 917-31-04
  *тут точно посещение по предварительной договоренности
   
• Музей вооруженных сил
  работает с 10 до 17(касса до 16:30)
  адрес не помню(( напишу позже
   
• Подпольная типография
  работает вт-сб с 10:00 до 17:30 и вс с 10:00 до 16:30
  Лесная, 55
  телефон: 250-30-74, 251-25-93
   
• Музей ...Кащенко,в общем)
  работает вт,ср,пт с 9 до 15:00
  *закрыт до 10 августа(( +посещение по пред.договоренности
  Загородное ш., д.2
  телефон: 952-88-33
   
• Музей холодной войны
  посещение по пред.договоренности
  5-й Котельнический пер., 11
  телефон:500-05-54
  *музей находится в бункере))
   
• Музей истории метро
  работает хз по каким дням с 9 до 16:00
  Хамовнический вал,36
  телефон не нашла((
   
• Музей анимации
  работает хз(
  пр-т Вернадского,5
  телефон: 940-69-60, 8-910-438-08-04
   
• Музей общественного питания
  работает - хз((
  Б. Рогожский пер., 17
  телефон: 911-35-03
   
• Музей советских игровых автоматов
  работает - хз((
  7-я Парковая, 9/26
  8-916-167-19-25
   
• Музей парфюмерного искусства
  Ильинка,4
   
• Музей автоугона
  Коптевская, 71
   
• Музей уникальных кукол
  Покровка, д.13,стр.2

З.Ы. по некоторым музеям полную инфу не нашла((
если чем-то можете дополнить её или список,оставляйте комменты))

З.З.Ы. я специально не стала писать про Политех,Дарвиновский и тд - здесь именно малоизвестные интересные музеи)