Создавшееся критическое положение с невзрывающимися торпедами заставило адмирала Дёница настоять на тщательной проверке их пригодности. И после выявления всех причин несрабатывания этого оружия от магнитного взрывателя отказались, вернувшись к прежнему взрывателю ударно-механического действия. Но – вновь неудача: торпеды с контактным взрывателем также не поражали цели! При опытных стрельбах выяснилось, что из-за неточной работы гидростата (прибора, обеспечивающего сохранение торпедой заданной глубины) торпеды часто шли под водой на большей глубине, чем была установлена на гидростатическом приборе.

Лишь к лету 1942 года немцам удалось вывести подводное оружие из тяжелого кризиса, заставив новый тип торпеды с контактным взрывателем точно выдерживать заданную глубину хода. А вскоре была принята на вооружение маневрирующая торпеда, шедшая зигзагообразным курсом по схеме, и самостоятельно находившая цель - так называемая «Fat» («Falke-Torpedo»). Тогда же для боевого применения оказались готовы и другие новые торпеды — «Lut» (Lagenunabhangiger-Torpedo; маневрирующая, самонаводящаяся торпеда) и «Zaunkonig» (акустическая торпеда «Цаункёниг»), реагировавшие на шумы винтов кораблей охранения. Эти шумы отличались от шумов винтов торговых судов; в результате даже при неточном выстреле торпеда взрывалась под кормовой частью боевого корабля. Эти торпеды немцы начали применять с лета 1943 года.

Успех действия торпед «Лут» поначалу был впечатляющим; однако за короткое время экипажи английских эсминцев и корветов научились против них бороться. Теперь корабли охранения не устремлялись на подводную лодку, а стопорили машины, как только шумопеленгатор обнаруживал, что такая торпеда выпущена. Но вот от более совершенной торпеды «Цаункёниг» это не спасало: она могла идти на корабль и с остановленными машинами, ориентируясь на звук работы вспомогательных моторов (вентиляторов, гирокомпаса и т.п.). Для противодействия «Цаункёнигам» англичане начали буксировать за кормой шумовые буи, облегчавшие кораблю уклонение от атаки подводной лодки. Но в этих случаях немцы стреляли по противнику не акустическими торпедами, а обычными…

В 1941 г понесенные потери заставили англичан, а затем и присоединившихся к ним американцев всерьез взяться за противолодочную оборону. Для обнаружения немецких субмарин союзники стали использовать радары. Тем не менее, немецкие подводники продолжали успешно действовать не только против транспортных конвоев, но и против крупных боевых кораблей (потопили в 1941 авианосец «Ark Royal» и линкор «Barham»). А после вступления в войну США Германия немедленно направила к их побережью свой подводный флот. И в течение первых трех месяцев 1942 года немецкие U-боты благодаря беспечности янки потопили там 120 американских кораблей и судов. А в марте 1942 вступили в действие снабженческие подводные U-танкеры, сделавшие дальность плавания и время боевого дежурства германских подлодок практически почти неограниченными. И к концу апреля немцы довели свой боевой счет против американцев почти до 200 побед (потоплено около 1.150.000 брутто-тонн). Правда, в марте 1942 года спохватившиеся американцы перешли к конвойной системе и значительно усилили меры безопасности, из-за чего результативность U-ботов резко сократилась.

Тогда Дёниц сменил тактику и провел массированную атаку американских танкерных путей в Карибском море. Потери союзников оказались ошеломляющими, но вскоре и здесь они применили конвойную систему. Тогда Дёниц перенес основную тяжесть боевых действий в Южную Атлантику. Именно там и произошел трагический инцидент, повлиявший на последующую тактику U-ботов. Лодка U-156 капитан-лейтенанта Вернера Хартенштайна 12 сентября 1942 г. потопила союзнический транспорт «Лакония», перевозивший тысячи английских солдат и итальянских военнопленных. После гибели судна лодка всплыла для спасения тонущих, открытым текстом оповестив всех, что ведет спасательную операцию. Тем не менее, американские бомбардировщики подвергли и лодку, и шлюпки со спасенными англичанами и итальянцами, целому ряду атак. После этого случая Дёниц запретил своим подводникам подниматься на поверхность для проведения спасательных работ.

В течение 1942 года немцы спустили на воду еще 238 U-ботов; при потере 88 субмарин общая численность подводного флота Германии достигла 397 лодок. К началу 1943 г немецкие подводники потопили более 1000 кораблей и судов противника общим водоизмещением почти 6 миллионов тонн. Эти достижения стали абсолютным рекордом, более никогда не повторившимся: союзники стали все шире и шире применять противолодочные меры, и потери среди U-ботов возросли. «Счастливое времечко» немецких подводников навсегда ушло в прошлое.
В начале 1943 года союзники предприняли массированные бомбовые налеты на базы и верфи немецких подводных лодок. На море «волчьи стаи» продолжали атаковать союзнические конвои, однако фортуна уже отвернулась от немецких подводников. К этому времени союзническим противолодочным кораблям удалось захватить субмарину U-110 капитана Фрица Юлиуса Лемпа; в руки англичан попала последняя модель шифровальной машинки «Энигма» и новейшие коды. С этого момента англичане свободно расшифровывали все переговоры немецких субмарин; в результате союзники не хуже Дёница знали текущие координаты U-ботов и пункты их назначения. Так что потери немецких подводников «взлетели до небес».

Правда, периодически немцы меняли коды; поэтому на короткое время, пока английские шифровальщики не «раскалывали» новый код, немецким подводникам удавалось действовать по-старому. Однако в течение 1943 года союзнические криптографы научились взламывать новые коды всего за две недели. Это, а также новое противолодочное оружие (многоствольный миномет «Хеджхог», сбрасываемые с самолетов акустические торпеды, устройства обнаружения, реагирующие на магнитное поле лодки), в сочетании с подавляющим численным преимуществом союзников в кораблях и самолетах стали началом конца немецкого подводного флота. В мае 1943 года из 30 U-ботов, отправившихся на перехват союзнических конвоев в Атлантике, почти 10 были потоплены прежде, чем они успели выпустить хотя бы одну торпеду.

С большой неохотой Дёниц запретил своим U-ботам действовать в Северной Атлантике. В течение 1943 года флот Кригсмарине пополнился 290 подводными лодками; в то же время немцы не досчитались 245 субмарин. При этом U-ботами был потоплен 451 корабль противника общим водоизмещением 2.395.500 тонн (т.е. в два с лишним раза меньше, чем в прошлом году). А в 1944 году эффективность немецких U-ботов вообще резко упала, хотя они изо всех сил и пытались вести активную борьбу.
В 1944 в распоряжении немецких подводников появилось шноркельное оборудование, позволявшее перезаряжать батареи, оставаясь при этом под водой («шноркель» - труба наподобие перископа, выдвигавшаяся при подводном ходе над поверхностью воды для засасывания воздуха, что позволяло не только долго находиться под водой, но и идти там под дизелями на полной скорости). Это резко повысило шансы на выживание тех U-ботов, что получили шноркели; тем не менее «было слишком поздно и слишком мало».

В апреле 1944 года состоялся спуск на воду первой лодки тип XXI. Эта новая субмарина была гораздо крупнее, чем тип VII и тип IX; она могла все плавание находиться под водой и имела огромную скорость подводного хода, позволявшую нагонять вражеские корабли без всплытия на поверхность. В конструкции новых субмарин появились такие «излишества», как холодильник для хранения пищи и автоматическое заряжающее устройство для торпедных аппаратов. Но столь сложные подводные корабли предъявляли повышенные требования к уровню подготовки экипажей, поэтому освоение лодок тип XXI моряками занимало значительно больше времени. В результате тип XXI впервые применили в бою, когда уже ничего изменить было нельзя.
Высадка союзников в Нормандии в июне 1944 года заставила немцев эвакуировать базы подводных лодок из Франции в Норвегию, что заняло несколько месяцев. В сентябре началась эвакуация подводных лодок из Средиземноморья, а субмарины, базировавшиеся на Черном море, вообще пришлось затопить. В 1944 впервые потери германских подводников превысили пополнение: было спущено всего 230 U-ботов, а потеряно - 264. За этот год немцам удалось потопить только 131 судно противника общим водоизмещением 701.900 бруто-тонн.

В последние месяцы войны, как и в ее начале, активность немецкого подводного флота ограничивалась лишь прибрежными водами Великобритании. До мая 1945 года немцы спустили на воду 93 U-бота, потеряв при этом 399 подлодок. За несколько месяцев 1945, до капитуляции Германии, подводникам удалось потопить всего 71 судно противника общим водоизмещением 332.600 брутто-тонн.

Тем не менее, за время войны подводные лодки добились наибольшего успеха среди всех остальных типов кораблей Кригсмарине. На их долю приходится до 68% потерь союзного тоннажа, и 37,5% потерь боевых кораблей союзников. Всего за войну немецкими подлодками потоплено 2.759 торговых судна и 148 боевых кораблей союзников (в том числе 2 линкора, 3 эскадренных авианосца и 3 эскортных авианосца).
К началу войны Кригсмарине располагали 57 подводными лодками. В ходе войны в строй было введено ещё 1.113 подлодок (10 из них — трофейные, ещё 4 — построенные на иностранных верфях, и 1.099 — новые, построенные в Германии). Из 1.170 подлодок Кригсмарине в боевых действиях участвовали 863; из них 781 не вернулась в базу. Потеря 781 немецкой подводной лодки и гибель около 32.000 подводников из 39.000, участвовавших в боевых действиях, говорят сами за себя…