Вступив в управление Воронежской епархией, Святитель Митрофан обратился с посланием к пастырям:

 

"Вы, честные иереи, проповедуйте слово, настойте благовременно и безвременно, обличайте, запрещайте, умоляйте со всяким долготерпением и учением. И молю вы, братие, вразумляйте безчинныя, утешайте малодушныя, заступайте немощныя, долготерпите ко всем, непрестанно молитеся, о всем благодарите: сия бо есть воля Божия о Христе Иисусе в вас. Образ будите верным словом, житием, любовию, духом, верою, чистотою; ни едино ни в чем же дающе претыкание, да служение безпорочно будет; но во всем представляйте себе яко Божии слуги. Сия вся аще соблюдете, во истинну, явльяшуся пастыреначальнику, примете неувядаемый славы венец".

 

При Митрофане были окончательно определены и расширены границы Воронежской епархии.

 

Вместо ветхого Благовещенского собора в Воронеже был построен новый, каменный пятиглавый, также освящённый к 1692 в честь Благовещения Пресвятой Богородицы и ставший в то время самым большим зданием города. Вокруг собора в 1836 году (после обретения мощей первого воронежского епископа Митрофана и его канонизации) был учрежден Митрофановский монастырь.

 

Число храмов в епархии увеличилось до 239. Были основаны два новых монастыря, один скит преобразован в монастырь. 

 

В 1700 году святитель Митрофан дал благословенную грамоту на построение нового храма, так как прежняя деревянная церковь пришла в ветхость. В 1736 году началось возведение каменной церкви - Покровского собора на ул. Вяхирева (ныне - Бехтерева), у Мясной площади.

 

В Первомайском саду (напротив Благовещенского кафедрального собора) 23 мая 2003 г. торжественно открыт памятник святителю Митрофану Воронежскому.