Родители Маргариты приходились друг другу дядей и племянницей. По причине такого близкородственного брака девочка имела очень слабое здоровье. В возрасте 14 лет Маргариту выдали замуж тоже за родственника — дядю по материнской линии, императора Священной Римской империи Леопольда I. Девочка так и продолжала называть его «дядюшкой».

Во время очередной беременности Маргарита Тереза заболела бронхитом и умерла на 22-м году жизни после рождения 4-го ребенка.