Обнаружил, что все программы, показывающие сведения о процессоре, написанные до появления Core 2 Duo (и некоторые новые), определяют что этот процессор поддерживает технологию Hyper-Threading. Команда cat /proc/cpuinfo в Debian Lenny 5.0 также показывает поддержку HT процессором Core 2 Duo. О причинах такого поведения программ прочитал в http://www.intel.com/Assets/PDF/appnote/241618.pdf «Intel® Processor Identification and the CPUID Instruction» - бит HTT, который раньше определял поддержку HT, так же устанавливается и для многоядерных процессоров. Для определения поддержки технологий HT ядром процессора нужно дополнительно проверять значение CPUID(1).EBX[23:16], которое показывает сколько логических процессоров содержит ядро.

   Вот ещё нашёл на форуме http://www.linuxquestions.org/questions/slackware-14/how-to-enable-hyper-threading-722669/, человек даже ядро перекомпилировал, чтобы включить HT, но это ему не помогло:(.