До сих пор бывают такие ситуации и некоторые дизайнеры и верстальщики не знают в чем дело и как исправить.

1. Неправильно задан цвет текста в Индизайне. Причиной может быть импорт текста, который непонятного цвета, но оттенок визуально похож на черный. Либо текст в одну краску черную, но 99,9% и программа его отрастирует, в PDF цветоделение может быть в 4 краски или печататься темно-серым и выделяться фрагментами среди нормального нерастрированого текста. Проверить можно на цветоделение в Индизайне и задать правильный 100 % цвет.
2. Текст в 1 краску черную в Индизайне, а в PDF - делится на 4. Текст может быть действительно в 1 краску черную, но необходимо проверить 100% ли она и нет ли на тексте или фрейме эффекта прозрачности. Еще есть случай, когда цвет текста задан черным цветом, помеченным как Black [Registration]. Этот цвет специально предназначен для меток цветоделения, он суммарный из всех 4 красок.
3. Текст в 1 краску черную в Индизайне, а в PDF - делится на 4. Неправильно записан PDF. Есть специальные наборы для экспорта в печать или высококачественная печать. А в наборах для экспорта в интернет или сжатой публикации текст может разделиться на 4 краски.
Еще в программе Acrobat Distiller при конвертации из PS в PDF в сжатую версию текст разделяется на 4 краски. Сам PS может быть правильным. Необходимо выбрать в настройках Acrobat Distiller пункт Высококачественная печать.