В 1996 году ОВЦС через свой Фонд «Ника» под видом гуманитарной помощи (без таможенных пошлин) ввез в Россию более 8 млрд сигарет, вытеснив с рынка импортеров, плативших пошлины. Он был причастен к беспошлинному экспорту нефти, отлову камчатского краба, добыче уральских самоцветов, учреждению банков, скупке акций и недвижимости В 2004 году научный сотрудник Центра исследований теневой экономики при РГГУ Николай Митрохин выпустил монографию о теневой экономической деятельности РПЦ. Состояние митрополита Кирилла оценивалось в этой работе в $1,5 млрд. Спустя 2 года журналисты «Московских новостей» попытались пересчитать активы главы церковного МИДа и пришли к выводу, что они насчитывают уже $4 млрд. Ни сам митрополит, ни руководство РПЦ эти данные не комментировали. В 2002 году митрополит Кирилл купил пентхаус в Доме на набережной с видом на храм Христа Спасителя.