Окончил биологический факультет Московского государственного университета в 1977 году.
С 1977 года — стажёр-исследователь в Институте биологии развития им. Н. К. Кольцова РАН.
С 1980 года кандидат биологических наук. Защитил в Московском государственном университете кандидатскую диссертацию на тему: «Механизмы формообразования в комплексе Gasterosteus aculeatus sensu lato». После защиты кандидатской диссертации занял должность младшего научного сотрудника Института биологии развития им. Н. К. Кольцова РАН.
С 1985 года — научный сотрудник Института биологии развития им. Н. К. Кольцова РАН.
В 1989 году присвоено учёное звание ведущий научный сотрудник.
С 1994 года доктор биологических наук. Защитил в Санкт-Петербургском государственном университете докторскую диссертацию по специальности 03.00.10 — ихтиология на тему: «Семейство колюшковых мировой фауны».
С 1994 года заведующий лаборатории экологии и эволюции биосистем Института биологии развития им. Н. К. Кольцова РАН, которая в 2005 году была преобразована в группу «экологии и эволюции биосистем» в составе лаборатории общей физиологии. С 2005 года — заведующий группы экологии и эволюции биосистем.
В конце 80 в начале 90 годов ХХ века В. В. Зюганов сформулировал концепцию симбиоза «жемчужница-лосось».
В 90 годы ХХ века В. В. Зюганов с соавторами разработал ряд биотехнологий разведения редких и исчезающих видов речных моллюсков жемчужниц, включенных в Красную Книгу СССР, и защитил эти изобретения авторскими свидетельствами.
В 90 годы ХХ века В. В. Зюганов в рамках развития концепции симбиоза «жемчужница-лосось» выдвинул гипотезу паразит-благодетель, который продлевает жизнь хозяина. Эта гипотезу поддержал ряд известных исследователей. Дискуссия вышла за рамки научного сообщества России: факты и аргументы «за и против» обсуждались на международных конференциях, публиковались в признанных научных журналах и монографиях известных исследователей. Тон дискуссии смягчился после того, как были обнаружены аналогичные факты продления жизни хозяина паразитом в парах «гельминты-рыбы» и «ракообразные — рыбы». У гипотезы В. В. Зюганова появились авторитетные сторонники и противники.
Широкую известность получил после установления факта пренебрежимого старения и максимальной продолжительности жизни европейской жемчужницы. Данные В. В. Зюганова были подтверждены финскими малакологами и получили общее признание. В. В. Зюганов — автор 120 научных статей, 6 монографий, авторских свидетельств и патентов.
Известен также разработкой онкопротектора «Эликсир Арктика+» и как автор публикаций в научно-популярных изданиях и публичных выступлений, направленных на победу над старением человеческого организма.
Организатор и президент международного добровольного экологического общества защиты жемчугоносных моллюсков «Society Conservation Margaritiferidae»
С 1992 года научный руководитель лососёвого заказника «Варзугский».
Неоднократно избирался членом и председателем комиссии государственной экологической экспертизы допустимых уловов тихоокеанских лососей Дальнего Востока Министерства природных ресурсов РФ.