Очень удобно когда операционка на флэшке, но кроме плюсов есть и минусы. К плюсам можно отнести: полностью настроенная под себя система, мобильность и скорость. Минус в необходимости иметь свободный компьютер без уже загруженной ос. Но это не проблема, при создании live usb Ubuntu, можно выбрать сколько места она займет на флэшке, минимум это 700Mb, так что даже на 1Gb флэшке остается еще место для casper-rw в котором будут храниться все настройки, дополнительные программы, учетные записи. И свободное место которое будет доступно из windows, потому что файловая система флэшки FAT32. На нем можно разместить портативные версии популярных программ для windows. Программы в большом ассортименте есть на сайте portableapps.com. Можно конечно хранить их на флэшке в открытом виде, но это крайне не рекомендуется. Во первых безопасность, во вторых вирусы, если компьтер к которому вы подключитесь заражен, ваши программы будут заражены сразу. Для такого случая пригодится dr.web curelt. Для безопасности советую воспользоваться Truecrypt я о нем уже писал раньше. Зашифрованный раздел вы сможете смонтировать как в windows так и в linux.