Вчера возникла проблема, каталоги в моей системе вдруг ассоциировались с PCManFM (файловым менеджером из LXDE). Пришлось немало поломать мозги, пока нашёл решение проблемы, но они вновь открываются Наутилусом.

За ассоциации для конкретного пользователя отвечает файл ~/.local/share/applications/mimeapps.list , который имеет синтаксис тип/файла=кнопка_запуска.программы . В моём случае была заменена строка:

inode/directory=pcmanfm.desktop

на

inode/directory=nautilus.desktop

Где inode/directory — тип файла "папка". А pcmanfm.desktop и nautilus.desktop кнопки запуска из /usr/share/applications. То есть, перед тем, как вписывать значение, нужно убедиться, что соответствующий файл в /usr/share/applications называется именно так. Узнавать это лучше из командной строки

ls /usr/share/applications

также стоит просмотреть вложенные каталоги. Можно использовать некоторые альтернативные файловые менеджеры (подойдут Xfe или Gnome Commander). Наутилус не покажет настоящих имён файлов *.desktop . Он интерпретирует и представляет их как кнопки запуска.