Отставка и возвращение на службу

В том же году, 1 июля, Муравьёв был пожалован в генерал-адъютанты, 3 апреля 1834 г. назначен исполняющим дела начальника штаба 1-й армии (30 июня был награждён орденом Белого Орла), а 9 июля 1835 г. — командиром 5-го армейского корпуса. Командовал корпусом Муравьёв два года и вышел в отставку после выраженного ему Государем неудовольствия за смотр. Многие полагают, что якобы Государь отнесся строго к Муравьёву, помня, как был им побежден на Красносельских манёврах 1835 г.

Ещё в 1834 г. Муравьёв составил записку «О причинах побегов и средствах к исправлению недостатков армии». Цель и содержание записки Муравьёв объясняет в своем дневнике: «…я составил записку, в коей изложил горестное состояние, в коем находятся войска в нравственном отношении. В записке сей были показаны причины упадка духа в армии, побегов, слабости людей, заключающиеся большею частью в непомерных требованиях начальства в частых смотрах, поспешности, с коею старались образовать молодых солдат, и, наконец, в равнодушии ближайших начальников к благосостоянию людей, им вверенных. Тут же излагал я мнение свое о мерах, которые бы считал нужными для поправления сего дела, погубляющего войска год от году. Я предлагал не делать смотров, коими войска не образуются, не переменять часто начальников, не переводить (как ныне делается) людей ежечасно из одной части в другую и дать войскам несколько покоя». Записка заключала несомненно много ценных указаний, и даже император Николай I, сделавший на полях её массу отметок, объяснений и замечаний на разные пункты, неоднократно начертал «справедливо».

17 апреля 1848 г. Муравьёв был принят вновь на службу с назначением состоять по запасным войскам и 18 апреля прикомандирован к генералу от инфантерии В. И. Тимофееву главным начальником запасных батальонов 3-го, 4-го и 5-го пехотных корпусов, затем с 13 сентября назначен членом Военного совета и, наконец, с 20 декабря командовал Гренадёрским корпусом, с которым выступил к границам Венгрии; 31 мая 1850 г. был удостоен ордена св. Александра Невского. Муравьёв постепенно вновь приобретал доверие Государя, и 6 декабря 1853 г. был произведён в генералы от инфантерии и 29 ноября 1854 г. пожалован генерал-адъютантомс назначением наместником Кавказским и командиром Отдельного Кавказского корпуса. Ему предстояло руководить войсками на Кавказском театре Крымской войны.
Опять на Кавказе. Второй штурм Карса

С назначением Муравьёва «неумолкаемому хабару» (кавказское местное выражение, означающее слово «новость»), догадкам и хитросплетениям не было границ. Одни считали его нелюдимым, каким-то пугалом, чуть не людоедом; другие — человеком с закаленным сердцем, лишенным всяких добрых чувств, а иные — просто устарелым, грубым, не обладающим современными взглядами, необходимыми для высшей административной деятельности, хотя не чуждым высшего образования.