Протокол разногласий составляется в случае разногласий по тем или иным условиям договора.
К протоколу разногласий могут также прилагаться заключения экспертов (юристов, экономистов, менеджеров, аудиторов), о чем необходимо делать соответствующие пометки в протоколе.
Протокол должен содержать реквизиты, аналогичные реквизитам протокола переговоров. При наличии протокола разногласий в договоре обычно делается оговорка об этом. В договоре также может быть оговорка о том, что все преддоговорные документы теряют всякое значение для отношений сторон по соответствующему договору.
В случае если для одной из сторон заключение договора является обязательным, а также по соглашению стороны могут передать разногласия по заключаемому договору на рассмотрение суда.