Нашла вот такой совет: 

Если после бега колет в боку. Выдыхайте, когда наступаете на левую ногу. 
Большинство людей делает выдох, когда правая нога касается земли. 
Это создает давление на печень, которая находится справа, а она давит на диафрагму и вызывает боль в боку.

Не знаю, правда ли, надо будет попробовать. Но решила все-таки еще почитать, и нашла такую статейку. В ней описывается из-за чего колет в боку, и что делать, чтоб боли не было.  

Если вы почувствовали колющую боль в правом или в левом боку во время бега или быстрой ходьбы, знайте: это боль в капсуле печени (если боль в правом боку) или селезенки (если колет в левом боку).

А возникает эта боль вот почему. В состоянии покоя часть крови не циркулирует по кровеносному руслу, а находится в резерве ("про запас"), а основная масса циркулирующей крови находится в грудной и брюшной полости. При физической нагрузке в организме происходит перераспределение кровотока в пользу работающих мышц. Но если мышцы начинают работать сразу же, то вегетативным функциям, которые обеспечивают их работу (дыхание и кровообращение), требуется для врабатывания несколько минут. Если мы начинаем быстро двигаться без предварительной разминки, кровь из резерва поступает в кровоток, но она не успевает быстро оттекать от органов брюшной полости. Печень и селезенка переполняются кровью, увеличиваются в размерах и начинают давить на свои капсулы. А в капсулах есть болевые рецепторы - они-то и дают сигнал в виде колющей боли.

[показать]Чтобы этого не произошло, до начала бега нужно обязательно провести разминку и не забывать о принципе постепенности тренировок - не допускать перенапряжения при беге.

Если же боль уже появилась, то нужно уменьшить нагрузку (снизить скорость бега или даже перейти на ходьбу) и сделать несколько глубоких вдохов и выдохов. Глубокое дыхание позволяет ускорить отток крови от внутренних органов (в том числе от печени и селезенки) и нормализовать кровообращение. Еще полезно как можно глубже втянуть живот. Таким образом вы проводите массаж печени — при втягивании живота диафрагма прижимает печень к позвоночнику и выдавливает из нее кровь. Когда перерастяжение капсулы печени или селезенки прекратится, боль пройдет.

Боль в правом боку может появиться и в том случае, если вы начинаете бег сразу после еды. Причина боли та же - перерастяжение капсулы печени. Ведь печень участвует в переваривании пищи, и если пища поступила в пищеварительный тракт, ее сосуды расширяются; расширяются также желчные протоки - по ним начинает поступать в кишечник желчь.

Избежать боли в этом случае очень просто: нужно начинать тренировки не раньше, чем через 2-3 часа после еды. И не пить много воды во время тренировки.

Ссылка на статью: http://allforchildren.ru/why/why82.php

Всем приятных тренировок без боли ;)