В сиквеле вы сможете носить четыре вида оружия вместо трёх. Система прицеливания была слегка модифицирована. В большинстве "стволов" имеется альтернативный режим стрельбы. Появилась возможность сократить время доступное врагам для реакции на только что брошенную гранату. Здоровье теперь автоматически пополняется, если вы не находитесь в бою, так что от сбора аптечек можно отказаться.
Новая система брони позволяет постепенно пополнять собственную защиту, собирая специальные плиты с трупов погибших врагов. Monolith не стала выбрасывать из игры возможность замедления времени. Пополнять ваш bullet-time можно за счёт специальных синих бутылочек. Плюс ко всему в Project Origin также имеется абсолютно новый умный искусственный интеллект.