Ну что сказать. Покурив тему, пришел к выводу, что без допзатрат и затрахиваний, самый простой способ смотреть 3Д в доисторических красно-синих очках ))

К тому моменту уже отконвертил mkv в mp4. Благополучно импортировал это в AE, где и проделал указанные постом ниже манипуляции со всем видеорядом.

То есть вот из такой стереопары (можно глаза скосить и "увидеть" объем) я собрал вот такой вот анаглиф красно-синий.

[700x471]

На этом объем виден в очках. И виден он офигительно! )) 
Поставил на вывод с VBR до 6 Mp.. Выводиться будет часов 7.. На ночь надо было. Ну, может отменю и на ночь поставлю, чтобы не грузить комп днем. Завтра утром будет готов 3D фильмец для нищебродского просмотра на ТВ или компе ))))