Часть первая: Самая великая история
Основная статья: Христианство
Первая часть оценивает исторический смысл Библии. Согласно мнению авторов Иисус — аллегорический персонаж; Библия базируется на астрологических принципах,[5] которые существовали во многих древних цивилизациях задолго до появления Иисуса Христа. Автор проводит параллель между ранними цивилизациями, которые персонифицировали солнце как бога, а 12 созвездий, по которым солнце путешествует по небосводу в различные периоды времени, с Иисусом и его 12 учениками. В первой части фильма также приводятся некоторые доводы в пользу языческого происхождения современного христианства и символа креста. Кроме того «всемирное принятие» Христианства не имело под собой ничего, кроме желания Рима установить политическую власть в Европе


Часть вторая: Глобальный сценарий
Основная статья: Теории заговора относительно событий 11 сентября 2001 года
Вторая часть документального фильма «Дух времени» утверждает, что события 11 сентября 2001 года были спланированы правительством США, чтобы возбудить массовые волнения для оправдания начала войн в Ираке и Афганистане, чтобы урезать гражданские свободы американского населения и создать прецедент для объявления войны под одним предлогом — борьбы с глобальным терроризмом. Как и многие другие фильмы о частных расследованиях событий 11 сентября 2001, «Дух времени» рассматривает теорию о том, что лётчики, захватившие опытный и подготовленный персонал самолётов с помощью одних только канцелярских ножей, были агентами, каким-то образом связанными с правительством США, а крушение Всемирного торгового центра было заранее подготовлено: ещё до удара самолётов центральные колонны ВТЦ были перерезаны под углом или взорваны, а после удара здания были подорваны с помощью термитной смеси, что привело к их полному и быстрому обрушению.


Часть третья: Люди за занавесом
Основная статья: Трёхсторонняя комиссия
Третья часть фильма повествует о том, как часть банкиров (Джон Морган, Джон Рокфеллер и другие) в начале XX века объединили свои усилия, желая создать картель, в котором они могли бы контролировать и владеть всеми финансовыми ресурсами США, тем самым получив мировое господство. Эта группа людей использовала свои финансовые ресурсы и личные связи, чтобы создать в обществе финансовую панику и воспользоваться этим для устранения конкуренции в лице независимых банков. По мнению Питера Джозефа, это приводит к теории электронного заговора. В третьей части также звучат заявления о том, что ФРС США и ЦБ США были созданы мошенническим путём ради одной цели — украсть богатство нации и контролировать военные, политические и культурные события для личной финансовой выгоды,[6] что, по мнению автора фильма, в итоге приведёт к созданию на планете единого государства, в котором главенствующую роль будет играть олигархия.