Так как Японские острова протянулись по ширине на 15° С, климатические условия весьма разнообразны. В конце марта можно загорать на Острове Окинава на юге Японии или кататься на лыжах на острове Хоккайдо севере. Но большая часть Японии находится в умеренной зоне с влажным муссонным климатом. Летом дуют юго-восточные ветры с Тихого океана, а зимой дуют северо-западные ветры с Евразии. Среднегодовая температура в городе Немуро на острове Хоккайдо составляет около 5° С, на Окинаве — около 16° С. Для острова Хоккайдо и северной части острова Хонсю характерно короткое лето и суровая длинная зима, вызываемая ветрами, дующими из Сибири и Охотского пролива. Далее на юг и восток зима более мягкая, чему в значительной мере способствует теплое течение Куросио (Японское). На островах Сикоку, Кюсю и на юге Хонсю лето жаркое и влажное, а зима довольно мягкая, почти бесснежная. Япония лежит в полосе юго-восточных муссонов, которые добавляют влажности летом. Среднегодовая норма осадков составляет от 1020 мм на Хоккайдо до 3810 мм в горах центральной части Хонсю. Растительность Японии весьма богатая, что вызвано жарким и влажным летом на большей части островов. В стране насчитывается более 17000 видов растений. Национальными цветущими деревьями Японии считаются вишня и слива, рано зацветающие и любимые по всей стране. В апреле в Японии цветет азалия, в мае — пионы, в августе — лотос, а в ноябре острова украшены цветущими хризантемами — национальным цветком. В этом месяце проводятся многочисленные фестивали цветов. Распространены также гладиолусы, несколько видов лилии, колокольчики, очный цвет. Самое распространенное дерево Японии — японский кедр, достигающий высоты до 40 м, часто встречаются также лиственница, несколько видов ели. На Кюсю, Сикоку м на юге Хонсю произрастают субтропические растения: бамбук, камфарный лавр, баньян. В центральной и северной части Хонсю распространены лиственные: береза, орех, ива, а также большое количество хвойных деревьев. Кипарис, тис, эвкалипт, мирт, падуб часто встречаются в этой зоне. На Хоккайдо растительность весьма похожа на сибирскую: наиболее распространены лиственница, несколько видов ели, в некоторых лесах встречаются береза, ольха, тополь. Японцы также весьма искусно выращивают карликовые деревья (так называемые «бонсай»), когда сосна, сива или вишня не превышают высоты 30 сантиметров. По сравнению с богатейшей флорой, фауну Японии можно считать довольно бедной, хотя на островах насчитывается 1199 видов позвоночных, 33776 видов беспозвоночных, около 140 видов млекопитающих, 40 видов птиц, большое количество рептилий, амфибий и рыб. На острове Хонсю обитает японская макака или красномордая обезьяна. Среди хищников выделяются бурый медведь, черный медведь и рыжий медведь. Практически на всех островах обитают лисица и барсук. Распространены норка, выдра, заяц, куница, белки, белки-летяги, мыши (хотя домашних мышей нет), большое количество различных видов летучих мышей. Из двух видов оленя наиболее распространен японский пятнистый олень. Наиболее распространенные виды птиц: ласточка, воробей, дрозд, цапля, утка, дятел, кукушка, лебедь, бекас, альбатрос, журавль, фазан, голубь. Среди певчих особенно широко распространены два вида соловья и снегирь.

Япония бедна полезными ископаемыми. В ее недрах встречается каменный уголь, золото, медь, полиметаллы и другие полезные ископаемые, но месторождения сильно истощены. Много строительного материала. Из возобновимых ресурсов – рыбы и другие морепродукты.