Холков-Царев-Николаевский, или Троицкий мужской подземный монастырь был основан в 1620 году иноком Геласием. Происхождение холковских пещер до сих пор остается загадкой. Неизвестно, рыли их иноки в первой четверти XVII века или они уже существовали до их прихода сюда. По своему архитектурному и планировочному решению холковские пещеры напоминают знаменитые Киево-Печерские.
В 1764 году указом Екатерины II Холковский монастырь был упразднен. Богослужение в отреставрированном подземном Свято-Троицком храме возобновилось в 1995 году.