2 июня стали известны все участники первенства ФНЛ сезона 2019/2020.
Футбольные клубы «Нижний Новгород» и «Томь» участвовали в переходных матчах с командами РПЛ за право сыграть в Премьер-Лиге в сезоне 2019/2020. В первом стыковом матче «Томь» проиграла в гостях «Уфе» со счетом - 0:2, в ответном домашнем матче одержала победу - 1:0 и по итогам двухматчевого противостояния «Томь» осталась в ФНЛ. «Нижний Новгород» начал борьбу в стыках с домашнего поражения «Крыльям советов» со счетом - 1:3, в ответном матче в гостях одержал победу - 1:0 и также как и «Томь» остался в ФНЛ.
Победитель первенства ПФЛ «Восток» сезона 2018/2019 «Сахалин» не подал в указанные сроки заявку на получение лицензии для участия в ФНЛ.
ФК «Анжи» не выступит в ФНЛ в сезоне 2019/2020, команда не прошла процедуру лицензирования, а также отозвала апелляционную жалобу. «Анжи» может попытаться пройти процедуру лицензирования в ПФЛ и заявиться во второй дивизион.
По итогам первенства ФНЛ сезона 2018/2019 «Балтика» и «Факел» заняли 16-е и 17-е места, но сохранили прописку в ФНЛ получив wild card.

Таким образом, определились все 20 участников ФНЛ сезона 2019/2020:
«Авангард» (Курск), «Армавир» (Армавир), «Балтика» (Калининград), «Енисей» (Красноярск), «Краснодар-2» (Краснодар), «Луч» (Владивосток), «Мордовия» (Саранск), «Нефтехимик» (Нижнекамск), «Нижний Новгород» (Нижний Новгород), «Ротор» (Волгоград), «СКА-Хабаровск» (Хабаровск), «Спартак-2» (Москва), «Текстильщик» (Иваново), «Томь» (Томск), «Торпедо» (Москва), «Факел» (Воронеж), «Химки» (Химки), «Чайка» (Песчанокопское), «Чертаново» (Москва), «Шинник» (Ярославль).