Говорят, что в третьем фильме Уилл Тернер и Элизабет Суонн объединят силы со своим старым врагом, Капитаном Барбоссой, чтобы спасти Капитана Джека Воробья и Прихлопа Билла и уничтожить союз между Дейви Джонсом, Катлером Беккетом и новым врагом, Сао Фенгом.
В Интернет просочились первые пятьдесят семь страниц первого чернового сценария. Один из авторов, Тед Эллиот, подтвердил на сайте KeepToTheCode.com, что это действительно был ранний вариант сценария. Некоторые сюжетные ходы истории совпадают с финальной версией, но отдельные события и диалоги мало сравнимы с законченным вариантом и не отражают его настоящего качества. В этой грубой версии Уилл Тернер, Элизабет Суонн и Капитан Барбосса плывут на Восток и в поисках карты к Концу Света встречаются с Капитаном Сао Фенгом. Фенг – капитан пиратского корабля с красными парусами под названием «Императрица». Он также держит у себя на борту загадочную «леди-дракон». В этой версии сценария представлен и элемент из аттракциона ПКМ в Диснейленде. Когда Уилл, Элизабет, Барбосса и команда подплывают к восточной джонке Хай Пенг на Конце Света, они попадают в глубокую вертикальную дыру посреди океана. Это имитирует обрывы в аттракционе. Джек Воробей и Черная Жемчужина будут найдены в Кладовой Дейви Джонса (Davy Jones' Locker), похожем на чистилище мире из песка и со странными крабами, вооруженными мечами. Уилл намерен вернуть Жемчужину, потому что это единственный корабль, который может догнать Летучий Голландец и
спасти его отца, Прихлопа Билла Тернера. В ранней версии сценария говорится, что Джеймс Норрингтон управляет Дейви Джонсом и его командой, завладев его сердцем во втором фильме. В FilmFocus Найоми Харрис намекала, что Тиа Далма играет некую роль в воскрешении Джека. Она также рассказала, что Тиа не та, за кого себя выдает, и она может быть морской нимфой, Калипсо. Джонни Депп говорил, что Барбосса может отдать свою жизнь за Джека Воробья, когда Кракен будет атаковать их корабль (не ЧЖ), и отметил, что он хотел бы сыграть Джека Воробья в четвертом фильме: «… конечно, почему бы и нет!» Билл Найи считает, что его персонаж, Дейви Джонс, будет более зловещим в третьем фильме. По словам Найи, кладовая
Дейви Джонса похожа на подводный каньон. Однако, на некоторых фотографиях и в других интервью, кладовая представляет собой большой скалистый остров с черным песком, похожий на Остров Черепа, но не такой огромный и с бОльшим количеством растительности. Существуют водные пути, ведущие на остров, где Джек Воробей должен находится в центре, мертвый и на борту Жемчужины. Недавно сообщалось, что между Сао Фенгом и Катлером Беккетом будет заключен союз. 7 августа 2006 года Орен Авив, президент продукции для Walt Disney Pictures, сказал в ролике «Перед съемками: “Пираты Карибского моря: взгляд внутрь Сундука”», что в начале третьего фильма мы увидим Джека Воробья в Кладовой Дейви Джонса.
Позже он подтвердил, что Джеймс Норрингтон будет играть в третьей части не менее важную роль, чем в «Сундуке Мертвеца».
Недавняя статья в журнале Empire показала сингапурские декорации, использованные в фильме.
И согласно Entertainment Weekly, режиссер Гор Вербински поделился с нами завязкой сюжета: «Само по себе пиратство не меняется. Это как железная дорога на Запад. Мировые пиратские лидеры встретятся, и состоится путешествие в конец света».