Начиная с середины 2000-х годов постоянно нарастающий процесс коммерческой застройки всех свободных площадей стал приводить к стремительному накоплению различных трудноразрешимых для города проблем: транспортных, экологических, социальных.
Очень серьёзным нарушением законодательства стала выдача разрешений на строительство администрациями Балашихи и Реутова в охранной зоне подземного магистрального нефтепровода «Ярославль — Москва» (построен в 1977 году), который доставляет нефть на Московский нефтеперерабатывающий завод. Вместо разрешённого удаления от оси трубопровода в 150 метров, строительство различных объектов (торговых центров, автосалонов и пр.) ведётся в непосредственной близости от него[80].
Объекты, на территории которых могут находиться люди, в соответствии со строительными нормами и правилами, должны располагаться не ближе, чем в 150 м от нефтепровода.
Любые виды работ, которые могут повредить трубу, запрещено проводить в 25 м от оси нефтепровода.
Отвод земельных участков в охранных зонах и на минимально безопасных расстояниях возможен только с письменного согласия эксплуатирующей организации.
Все эти положения были нарушены главой городского округа, чему был посвящён отдельный сюжет телепрограммы Андрея Караулова «Момент истины» 30 ноября 2009 года[81]. Эксплуатирующая компания «Транснефть» предупредила чиновников о возможных катастрофических последствиях и человеческих жертвах, связанных с этими решениями. Специалисты компании обратились с письмами по фактам нарушений во все возможные инстанции: руководителям местных администраций,правительство Московской области, областную прокуратуру, МЧС, генпрокуратуру, Ростехнадзор. На ряд писем ответов не получено вовсе, а письма генпрокурору спущены в местные, городские прокуратуры. Никаких санкций к захватчикам земель не принято[82].
В связи с участившимися случаями нарушения охранных зон трубопроводов, 9 июня 2010 года в балашихинской газете «Факт» было опубликовано объявление, напоминающее о существовании охранной зоны магистрального нефтепровода «Рязань — Москва» (построен в 1962 году): 25 метров от оси[83].
В мае 2011 года произошло возгорание стихийной свалки, устроенной местными жителями в микрорайоне Щитниково прямо на нефтепроводе. В процессе её тушения были выявлены другие серьёзные нарушения[84]. Например, выяснилось, что особняк, построенный в 12,5 метрах от оси трубопровода и оформленный на некую Андрееву, принадлежит в действительности заместителю прокурора города Балашиха Станиславу Хмелевскому. По факту незаконной постройки дома на охранной территории «Транснефти» Комитет Госдумы по безопасности подготовил обращение к Генеральному прокурору РФ Юрию Чайке[85].
12 мая 2011 года на ту тему была опубликована статья "Зампрокурора Балашихи построил особняк в охранной зоне «Транснефти» в деловой газете «Маркер». По её сведениям, «Транснефть» уже пыталась повлиять на ситуацию: проверки, инициированные президентом компании Николаем Токаревым, начались в 2009 году. Компания неоднократно обращалась и в администрацию города, в областную и генеральную прокуратуру, Ростехнадзор и МЧС. Частично проблему удалось решить в Реутове: его администрация предотвратила строительство рынков на нефтепроводе[86]. Однако по конкретному прокурорскому дому никаких действий предпринято не было[87].
Весной 2010 года жители микрорайона Новый Свет узнали о планах администрации В. Г. Самоделова застроить всю правобережную часть реки Пехорка от места впадения в неё Малашки (относится к особо охраняемой природной территории«Пехорка») 25-этажными башнями (Солнечная улица). Для осуществления этих планов требовалось вырубить большую берёзовую рощу — традиционное место прогулок и отдыха жителей микрорайонов Новый Свет и Балашиха-2. Активное противодействие этому в 2010—2011 годах оказала общественность, вынудив администрацию временно отказаться от реализации этого проекта, сосредоточившись на других объектах[88].
В начале 2012 года разразился скандал вокруг предстоящей застройки Кучинской берёзовой рощи (на границе Балашихи и Железнодорожного, улица Смельчак), которая согласно генплану г. Балашиха является городским парком. Роща была высажена школьниками в 1946—1948 г. в память о лётчиках-героях, погибших при защите Подмосковья от немецко-фашистских захватчиков в годы Великой Отечественной войны. Каждое дерево в роще было именным[89]. 28 марта 2012 г. застройщик, фирма «Мортон» предприняла попытку вырубки рощи, срубив 160 деревьев. Благодаря вмешательству жителей и полиции экоцид удалось остановить. С тех пор жильцы разбили в роще палаточный лагерь, где 70 дней несли круглосуточное дежурство[90][91]. Благодаря вмешательству губернатора Московской области Сергея Шойгу, который 6 июня 2012 г. приехал в рощу и встретился с её защитниками, парк был спасён.
Проблемой законности уничтожения мемориальной рощи заинтересовалась Общественная палата Российской Федерации, которая поддержала требования граждан и направила запрос в Министерство экологии и природопользования Московской области с просьбой дать правовое объяснение оснований выдачи разрешения на вырубку деревьев в лесопарковой зоне в районе подмосковной Балашихи[92].
Другим скандалом стала вырубка соснового бора в квартале Акатово (микрорайон Салтыковка), на берегу рек Пехорка и Горенка, под строительство очистных сооружений[93]. Не менее драматична борьба за сохранение дубовой рощи в Никольском, у микрорайона Дзержинского.
В декабре 2012 года власти города предложили новый Генеральный план Балашихи. В январе 2013 года жители города не были проинформированы о проведении тендера, выставке конкурсных проектов, составе жюри. С большим опозданием, уже во время начавшихся слушаний, были опубликованы на сайте администрации планы, но не в полном объёме, где отсутствовали планы особо охраняемых природных и культурных зон, время публикации графика слушаний нарушало конституционные права граждан на самоуправление и участие в обсуждении плана. В плане не предусмотрены конкретные меры по решению транспортных и прочих инфраструктурных проблем большинства районов городского округа, но безосновательно увеличивается многоэтажное строительство на продажу. Граждане борются за отмену слушаний, организации широкого обсуждения отчёта по старому плану 2005 года, публикацию технического задания по новому плану и широкого его обсуждения. Слушания по новому плану проходят со скандалом, призывами отменить и с пикетами, с широким освещением в прессе, вовлечением всё новых участников протестной кампании.