Из закоулков Википедии:

Единственное слово русского языка, не имеющее на поверхностном уровне корня — вынуть. Считается, что в этом слове так называемый нулевой корень, находящийся в чередовании с корнем -им- (вын-им-ать). Раньше, примерно до XVII века, этот глагол выглядел как вынять, и в нём был материальный корень, такой же как в снять, обнять, понять (ср. снимать, обнимать, понимать), однако впоследствии корень -ня- был переосмыслен как суффикс -ну- (как в сунуть, дунуть).
[590x600]