Основана, по преданию, в I веке апостолом Андреем Первозванным.
В 317 г. трудами св. равноапостольной Нины Христианство стало государственной религией Грузии. Первоначально подчинялась Антиохийскому Патриархату. С 487 г. — автокефальная Церковь с центром в Мцхете (резиденция верховного Католикоса).
После Халкидонского Собора 451 года иверские грузины заодно с соседями-армянами отвергли его, но в 607 году они порвали с армянами и приняли решения Собора.
При Сассанидах (VI—VII вв.) выдержала борьбу с персидскими огнепоклонниками, а в период турецких завоеваний (XVI—XVIII вв.) — с исламом. Эта изнурительная борьба привела к упадку грузинского Православия.
В 1801 году Грузия вошла в состав Российской Империи. По проекту, разработанному главноуправляющим генералом А.П. Тормасовым и представленному Александру I в 1811 году, в Восточной Грузии вместо 13 епархий учреждалось 2: Мцхетско-Карталинская и Алавердско-Кахетинская. 21 июня 1811 года Святейший Синод снял сан Католикоса-Патриарха с Антония II (Теймураза Багратиони)(† 21 декабря 1827 года).
С 30 июня 1811 года до 10 июля 1917 года Грузинская Церковь имела статус Грузинского экзархата Российской Церкви; звание Католикоса было упразднено. Первым экзархом в 1814 году был назначен Варлаам Эристави (князь Эристов) (30 августа 1814 — 14 мая 1817; 20 марта 1825 года назначен управляющим Даниловым монастырём; † 18 декабря 1830). К концу 1810-х был упразднён также и Абхазский (Западногрузинский) католикосат.
Впоследствии экзархи назначались из епископов-негрузин, что нередко приводило к трениям с местным духовенством и эксцессам (как-то, убийство Экзарха Никона (Софийского) 28 мая 1908 года в здании Грузинско-Имеретинской синодальной конторы).
12 марта 1917 на Мцхетском Соборе была провозглашена автокефалия Грузинской Церкви; блюстителем престола Католикоса был избран епископ Гурийско-Мингрельский Леонид (Окропидзе). Последний 13 марта уведомил Экзарха Грузии архиепископа Карталинского-Кахетинского Платона (Рождественского) о его смещении с кафедры, чего тот не признал.
27 марта 1917 года Временное правительство признало автокефалию Грузинской Церкви в принципе. 10 июля 1917 года совместное заседание Временного правительства и Синода постановило учредить Кавказский экзархат для добровольного вхождения в него русских приходов Тифлисской, Елизаветпольской, Бакинской, Эриванской, Кутаисской, Черноморской губерний и Карской, Батумской областей, Артвинского, Закатальского и Сухумского округов. Епископом в Тифлисе был назначен Феофилакт (Клементьев), вскоре удалённый грузинскими архиереями из Грузии.
Патриарх Тихон своим посланием от 29 декабря 1917 года к Католикосу Кириону III (Садзаглишвили), избранному на Соборе в сентябре 1917 года, осудил самочинный характер восстановления автокефалии. Общение между Московским Патриархатом и Грузинской Церковью было прервано; официально восстановлено Определением Священного Синода РПЦ от 19 ноября 1943 года[2].
Ныне Церковь состоит из 35-ти епархий, объединяющих около 300 общин; Абхазская епархия после 1992 года де-факто не входит состав Грузинской Церкви. Также существует неясность ситуации в Южной Осетии, где, по утверждению Католикоса Илии II, «присутствуют представители Русской зарубежной церкви»[3].
В 1997 Грузинская Православная Церковь вышла из Всемирного совета церквей.
Предстоятель с 23 декабря 1977 — Его Святейшество и Блаженство Католикос-Патриарх всея Грузии, Архиепископ Мцхетский и Тбилисский Илия II.