Обнаружилась интересная проблема — некоторые программы внезапно начали сегфолтится при запуске, причем видимых причин этому не было.

Проблема пока обнаружилась только в mysql-administrator и gparted, но кто знает…

Решается — перекомпиляцией, соответственно возможно связано с обновлением какого-нибудь GTK+ или чем-нибудь подобным.